淘汰赛第一轮面对巴塞尔，首回合爆冷输球的情况下次回合回到主场7球大胜逆转，其中罗本首开纪录并最终完成帽子戏法第二轮对阵马赛，罗本首回合一传一射，里贝里次回合也送上一记助攻，帮助拜仁两回合4球大胜进入半决赛半决赛是欧洲德比拜仁对皇马平心而论，拜仁实力远逊对手，赢球靠的除了战术得当。

进入2013年后，拜仁在客场以31击败阿森纳，回到主场则是02落败，但总比分仍然保持领先在随后的比赛中，拜仁主场以20战胜尤文图斯，客场同样以20获胜，最终成功晋级紧接着，拜仁在主场以40碾压巴塞罗那，客场则以30完胜在淘汰赛阶段，拜仁与多特蒙德在中立场地进行较量，最终以21险胜整。

上半场比赛拜仁完全掌握优势，蒂亚戈头球首开纪录，博阿滕的头球得分之后莱万多夫斯基梅开二度，穆勒也打进一记运气球下半场比赛波尔图扳回一城，但是阿隆索的直接任意球彻底熄灭对方的希望最终拜仁主场61击败对手，总比分74逆转，连续第四个赛季晋级欧冠半决赛阶段北京。